Skibby kirke er særlig kendt for sine fantastiske kalkmalerier, heriblandt er en af landets ældste kalkmalerier repræsenteret, nemlig maleriet i apsis som stammer tilbage fra da kirken blev bygget omkring 1150. Det forestiller den majestætiske Kristus på sin himmelske trone.

Kirkens historie er tæt forbundet med Reformationen. I 1650 blev Skibbykrøniken fundet i et hulrum i kirkens apsis. Karmelitermunken Poul Helgesen har skrevet dette smædeskrift mod kongen, Luther og den Reformation, som kom over landet i begyndelsen af 1500-tallet: Egentlig en historisk krønike – men meget subjektivt beskrevet om tiden omkring Reformationen i Danmark. Et af de bedst bevarede skrifter af sin art.