Kyndby kirke er bygget omkring 1125, altså samtidig med pastoratets anden kirke, Krogstrup kirke. Det er en romansk kirke bygget af frådsten. Kirken er forlænget ad to omgange: Omkring 1400 mod vest og omkring 1500 blev et langhuskor tilføjet mod øst. Ligeledes havde kirken fra begyndelsen fladt loft, men omkring 1450 blev hvælvinger indbygget. I nordmuren er et meget velbevaret romansk vindue samt to friser med kalkmalerier med scener fra Jesu og Marias liv. Det eneste billede, som stadig kan ses i fuld udstrækning forestiller Jomfru Marias død. Andre billede viser Jesu gravlæggelse, englen ved den tomme grav og Himmelfarten. Kirkens tårn er unikt: Det er bygget så sent som 1876 på det sted, hvor oprindelig våbenhuset lå. Kirken har altså sit tårn som en udvækst på sydsiden. På kirkens nordvæg hænger et krucifix af eg udført i 1375 og genfundet på kirkens loft i 1945. Kirkens loft er interessant, idet man her kan se dele af den øverste frise af kalkmalerier, som blev afskåret ved indbyggelse af hvælvene.